CeleScope®是一款由新格元生物科技有限公司自主开发的,用于处理新格元单细胞系列产品测序数据的开源生信软件,应用于分析新格元各类单细胞测序数据的生物信息流程。可从二代测序下机的原始fastq数据开始处理,包含数据拆分、比对、定量、生成表达矩阵、分群等功能。随着一系列创新性单细胞试剂盒的推出,CeleScope®的分析功能...
于是安排学徒去到新格元的官方网站,有对这款试剂盒及其分析软件(celescope)的介绍,在github上有软件的使用说明及下载:https://github.com/singleron-RD/CeleScope 其官方文档也很清晰:https://github.com/singleron-RD/CeleScope/blob/master/docs/quick_start.md 在新格元的GitHub里面下载CeleScope 我们这里直接使用conda...
pip install celescope 也就是说,本来是应该是很简单的 pip install 安装一个Python模块,结果因为它太多的依赖,我们怕 pip install 失败,所以首先使用conda新建了一个 celescope的小环境,在这个小环境里面安装了大量的依赖,最后才小心翼翼的 pip install celescope 测试CeleScope软件 官方教程提供了一个小数据来测试这...
usage: celescope rna mkref [-h] [--thread THREAD] --genome_name GENOME_NAME [--dry_run] --fasta FASTA [--STAR_param STAR_PARAM] --gtf GTF [--mt_gene_list MT_GENE_LIST] [--attributes ATTRIBUTES] optional arguments: -h, --help show this help message and exit --thread THREAD De...
CeleScope®是一款由新格元生物科技有限公司自主开发的,用于处理新格元单细胞系列产品测序数据的开源生信软件,应用于分析新格元各类单细胞测序数据的生物信息流程。可从二代测序下机的原始fastq数据开始处理,包含数据拆分、比对、定量、生成表达矩阵、分群等功能。随着一系列创新性单细胞试剂盒的推出,CeleScope®的分析功能...
标准化分析模块覆盖多样本整合、细胞类型注释、肿瘤异质性、基因集发现与富集、细胞间相互作用、转录因子调控等个性化与高级分析点,上游衔接新格元CeleSCOPE™或其他软件处理下机数据结果,满足从下机数据到分析结果下载的闭环分析需求,支持多种单细胞平台数据。通过...
但是新格元的CeleScope软件需要重新建立一个conda环境。 代码语言:javascript 复制 git clone https://github.com/singleron-RD/CeleScope.git cd CeleScope #其GitHub提供了一个 conda_pkgs.txt 文件,所以需要首先 git clone 它 conda install mamba mamba create-n celescope-y--file conda_pkgs.txt ...
1. 从Github上克隆CeleScope仓库 gitclonehttps://github.com/singleron-RD/CeleScope.git clone完成之后,看一下我们CeleScope源码结构: cdCeleScope tree -L 1 . |-- Dockerfile |-- LICENSE |-- MANIFEST.in |-- README.md# 安装文档,安装时需要读的文档 ...
CeleScope是一款由新格元生物科技有限公司自主开发的,用于处理新格元单细胞系列产品测序数据的开源生信软件。可从二代测序下机的原始fastq数据开始,经过细胞标签提取、质控与校正,参考基因组比对,完成基因定量,最终得到质控报告和表达矩阵,以用于单细胞下游分析。
产品端,新格元拥有CeleScope®单细胞分析软件、SynEcoSys®单细胞数据库、CeleViz®Browser本地可视化软件等软件产品,为使用新格元单细胞测序系列产品的客户提供多维度的分析和解读支持。 服务端,新格元积极创新,相继开发了一系列单细胞多组学标准化...