核苷酸序列比对选默认的blast就好,其他的比对模块可以自行查看,有必要的情况下公众号再讲。 搜索自己想要比对的物种(reference)。 serch (点击搜索) 好了,database已经为我们选定的物种基因组(可自行选择版本),如果没有基因组的话,可能需要自己上传或者是其他的办法(本处未做尝试)。 输入需要查找的序列,或者文件。
2、输入需要比对的序列,或序列号(若有) 3.点击blast后,在转跳页面等待一分钟左右,直到弹出信息页面。 等待时间取决于你搜索的序列长度、算法和数据库等等。 4.比对结果分析 (1)序列信息页面 (2)比对结果关键指标介绍 description:比对到的相似序列的基本信息 graphic summary:用图画的形式表现出与相似序列的比对结...
如何使用BLAST比对两条序列 https://gitee.com/biox-lab/biclass.biox/blob/master/%E4%BF%AE%E4%B8%9A/Bioinformatics/Algorithm/Alignment/Sequence/BLAST/My-Question/%E5%A6%82%E4%BD%95%E4%BD%BF%E7%94%A8BLAST%E6%AF%94%E5%AF%B9%E4%B8%A4%E6%9D%A1%E5%BA%8F%E5%88%97.md #BLAST...
序列比对结果有一个identify 参数，identify 参数有一个是数值结果，有一个是百分数的结果。是否具有同源性以identify 参数的百分数结果为准，如果达到40%或者以上就叫做有同源性，中文就叫说序列相似性达到40%则认为两条序列就有同源性。在NCBI上有一个BLAST的文档，不过比较难理解，如果你兴趣十分浓厚的话...
复制CDS序列 打开NCBI BLAST 打开NCBI BLAST → 勾选 Align two or more sequences → 上方输入框 粘贴注释序列 → 下方align输入框 键入多个想比对序列 # align只会弹出一个输入框 → 复制序列时带上名称 即可多序列同时比对多个序列 √如 “>U10099.1:694-1326 Human POM-ZP3 mRNA, complete cds” ...
不太明白你想问什么。用vector NTI等软件可以对两个序列进行序列比对，给出的positive值就可以看出同源度了。若同时拿家族中3个序列进行比对，就可以得到进化树，更直观一点。
比如,我有四个核酸序列abcd。现在需要两两比较他们的相似度。得出相似度的集合为:abacadbcbdcd.blast有没有这样的功能可以一次性做这些工作。如果手工两两输入比较根本就做不完太多了。我意思是,不管是网络版还是单机版,能不能直接输入abcd,然后就得到所有两两比较的结
Blast主要程序 1.打开blast(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) 2.输入比对序列及参数 3. BLAST结果分析 一般评价一个blast结果的标准主要有三项,E值(Expect),一致性(Identities),缺失或插入(Gaps)。通用还会额外加上序列长度(length)。 Score:序列比对过程中计算的得分值,得分越高,序列匹配结果越好。
百度试题 题目利用Blast进行核酸序列比对时,两个序列之间分值(Score)越大,表示这两个序列相似性程度___。相关知识点: 试题来源: 解析 大(高) 反馈 收藏
而且还不是同一批样本。然而我比较熟悉RNAseq这个DENOVo,从来没有做过,不过同学比较着急。他需要两个fasta中的交叉序列。因此我觉得用BLAST应该可以达到他的要求。以下为解决步骤方便以后再遇到类似情况: 1.安装blast+ sudo apt install blast 2.用参考序列建库...