VDJ Gene Usage among B-Cell Receptors in ABO-incompatible Kidney Transplantation Determined by RNA-seq Transcriptomic Analysisdoi:10.1097/01.tp.0000543641.46446.68Hee Jung JeonKwangsoo KimJae-Ghi LeeJoon Young JangJaeseok YangTransplantation
VDJ重组 + 重组/连接多样性 + TCR/BCR重排过程部分视频来源:VDJ Recombination_ The Mechanism Behind Antibody Diversity _ Breakthrough Junior Challenge 2020VDJ Gene RecombinationVDJ recombination antibody class switching, 视频播放量 39314、弹幕量 23、点赞数
gene="V",chain="TRB",y.axis="J",# 表示TRB V 和 J 使用的差异 plot="heatmap",#绘制热图,还可以选“bar”,绘制柱状图 scale=TRUE,order="gene") image.png 4.6 克隆空间稳态 clonalHomeostasis(combined,cloneCall="gene",cloneTypes=c(Rare=1e-04,Small=0.001,Medium=0.01,Large=0.1,Hyperexpanded=...
vjust =0.85,hjust =0.75))#X坐标加点斜体,出图好看p2 <- quantContig(combined, cloneCall="gene+nt", scale = F)+theme(axis.text.x = element_text(angle =30,vjust =0.85,hjust =0.75))p1 + p2
指标4 :Median UMIs per cell for V(D)J gene 描述和限制: 每个细胞中分配给VDJ 基因{每条链}的contig的UMI数的中位数(链是指TRA/TRB或IGH/IGK/IGL)。 Ideal >0 UMIs 失败的原因: 中位数越高,表明对该链表达的支持越高。 中位数为0的UMI往往表明TCR/BCR链表达较差,样品质量较差,或在某些情况下富集...
(4) “gene+nt” 使用包含 TCR/Ig + CDR3 区域的核苷酸序列的 VDJC 基因 柱形图具体的数值可以添加exportTable = T函数导出 quantContig_output <- quantContig(combined, cloneCall="gene+nt",scale = T, exportTable = T)quantContig_output
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Proportions and gene signatures of the airway epithelial cells 使用考虑了材料、供体和解离方案的统计模型,我们检查了采样的 5 个不同位置的气道上皮细胞的比例,显著性以局部真征率 (LTR) 给出。 正如预期的那样,棒状细胞在薄壁组织中富集,而 SMG 上皮细胞在气管中富集。 虽然供体和方案对上皮细胞类型比例几乎...
(4) “gene+nt” 使用包含 TCR/Ig + CDR3 区域的核苷酸序列的 VDJC 基因 柱形图具体的数值可以添加exportTable = T函数导出 代码语言:javascript 复制 quantContig_output<-quantContig(combined,cloneCall="gene+nt",scale=T,exportTable=T)quantContig_output ...
Hybridization target capture of IG and TR constant regions increases the IG and TR gene counts in spatial transcriptomics libraries 总结一下:Spatial VDJ是10x Visium空间基因表达(Spatial GEX)技术的扩展,Spatial GEX依赖于组织切片中3’polyA序列进行靶向捕获,在片段化步骤之前,CDR3区域序列可以从空间条形码全长...