官网下载(https://vcftools.github.io/examples.html),下载最新版本, wget https://github.com/vcftools/vcftools 或者 git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz export PERL5LIB=/path/to/your/vcftools-directory/src/perl/ cd vcftools/ ./configure make make...
1. vcftools提取基因型 vcftools使用 --extract-FORMAT-info 选项来提取基因型信息。 vcftools --vcf sample.raw.vcf --extract-FORMAT-info GT --out sample# 结果文件# sample.GT.FORMAT sample.GT.FORMAT 2. vcftools提取指定区域的变异信息 # 提取chr1 5M-10M区域的变异位点vcftools --vcf sample.snp.vcf\...
vcftools --vcf test.vcf --plink --chr 1 --out output_in_plink vcftools使用说明 vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。目前官网的版本是vcftools v0.1.13。 中文版本:https://www.j...
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。 有些奇怪的是需要到网页上查看他的使用参数,Linux上没有参数查看 参考:vcftools使用手册
神奇的vcftools 最近每一篇知乎,都有一段血泪史,比如 今天的vcftools。 在我迈入bioinformatics的第二个年头,才知道有vcftools这个神器,以前是真的蠢啊 idiot啊,处理vcf文件用awk、sed、grep等手动傻瓜处理,甚至试图带入R… 没把服务器整坏也真是幸运了,反正就是真的蠢啊!不得不说,生信的发展,真是让我开了眼...
bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position ) 下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到 2. 解压缩 代码语言:javascript 复制 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip ...
vcftools使用 vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。 基本参数 输入参数 –vcf 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件 –gzvcf 通过gzip...
vcftools 不仅可以进行基本的变异检测,还可以进行基因型频率计算、连锁分析、群体结构分析等。 二、等位基因频率计算 等位基因频率是指在一个群体中,某一等位基因在所有等位基因中所占的比例。计算等位基因频率的方法有多种,如Hardy-Weinberg 平衡定律、最大似然估计等。 2.1 概念 等位基因是指在基因座上具有不同序列...