用SNPRelate进行PCA分析: library(gdsfmt) library(SNPRelate) vcf.fn <- "test.vcf" snpgdsVCF2GDS(vcf.fn, "test.gds", method="biallelic.only") ###这一步将vcf格式转换为gds格式,以符合SNPRelate对数据格式的要求; genofile <- snpgdsOpen("test.gds") ###打开文件 pca <- snpgdsPCA(genofile, ...
主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）， 是一种降维方法，也是在文章发表中常见的用于显示样本...
library("devtools") install_github("zhengxwen/gdsfmt") install_github("zhengxwen/SNPRelate") Theinstall_github()approach requires that you build from source, i.e.makeand compilers must be installed on your system -- see theR FAQfor your operating system; you may also need to install depende...
这样就得到了hapmap计划涉及到的所有样本的基因型文件。 然后再学一下SNPRelate的用法: 说明书还比较好读:http://corearray.sourceforge.net/tutorials/SNPRelate/ 只有一个核心函数,就是用snpgdsPCA来对包含了GDS格式的基因型信息的文件做分析! 所以重点就是创建GDS格式的基因型文件! 有两种方式来创建GDS文件,被R...
说明书还比较好读:http://corearray./tutorials/SNPRelate/ 只有一个核心函数,就是用snpgdsPCA来对包含了GDS格式的基因型信息的文件做分析! 所以重点就是创建GDS格式的基因型文件! 有两种方式来创建GDS文件,被R包作者包装成了两个函数:分别是snpgdsCreateGeno和snpgdsVCF2GDS ...