多性状基因组关联分析(MTAG)是一种新型的遗传统计方法,旨在通过联合分析多个性状来提高对遗传关联的检测能力。这种方法主要针对全基因组关联研究(GWAS)中常见的问题,即传统GWAS通常只针对单一性状,可能无法充分利用与其他相关性状间共享的遗传信息。 MTAG的主要特点和优势: 适用性广:MTAG可以处理任意数量的GWAS汇总统计数...
mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)作用:通过对多个表型相似的GWAS summary结果进行联合分析,发现更多的表型相关基因座。 以抑郁症状、神经质和主观幸福感这三个表型为例,分别对他们进行GWAS分析,鉴定得到32、9 和 13个基因座与它们相关。当将这三者进行mtag分析后,则可发现64、37 和 49 个基因座与它们相关,...
mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)作用:通过对多个表型相似的GWAS summary结果进行联合分析,发现更多的表型相关基因座。 以抑郁症状、神经质和主观幸福感这三个表型为例,分别对他们进行GWAS分析,鉴定得到32、9 和 13个基因座与它们相关。当将这三者进行mtag分析后,则可发现64、37 和 49 个基因座与它们相关,...
mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)作用:通过对多个表型相似的GWAS summary结果进行联合分析,发现更多的表型相关基因座。 以抑郁症状、神经质和主观幸福感这三个表型为例,分别对他们进行GWAS分析,鉴定得到32、9 和 13个基因座与它们相关。当将这三者进行mtag分析后,则可发现64、37 和 49 个基因座与它们相关,...
GWAS分析一般针对于SNPs和单一性状之间的关联,从而导致与该性状相关的性状中包含的信息没有得到充分利用。相比于单表型的GWAS,MTAG可以利用关联表型的信息提升目标表型的检验统计power。 02 方法和原理 2.1 LDSC原理 2.2 MTAG原理 03 脚本和实操 3.1 LDSC代...
Type 2 Diabetes)中使用了MTAG方法,我就特别好奇这种方法的源头在哪里,就找到了2018年发表在Nature Genetic上的一篇文献 (Multi-trait analysis of genome-wide association summary statistics using MTAG),这篇文章介绍的MTAG的方法主要原理是:通过对多个表型相似的GWAS summary结果进行联合分析,发现更多的表型相关基因...
mtagis a Python-based command line tool for jointly analyzing multiple sets of GWAS summary statistics as described byTurley et. al. (2018). It can also be used as a tool to meta-analyze GWAS results. Getting Started We recommend installing theAnaconda python distributionas it includes all of...
Design We used multi‐trait analysis of GWAS (MTAG) to analyze four SUTs in EUR subjects (OUD, CUD, AUD and smoking initiation [SMKinitiation]), and three SUTs in AFR subjects (OUD, AUD and smoking trajectory [SMKtrajectory]). We conducted gene‐set and protein–protein interaction analyses...
中南大学湘雅医院唐北沙等人最近通过利用全基因组测序技术(WGS),在大样本中国帕金森病(PD)人群中进行了首个全基因组关联研究(GWAS),鉴定了1个新的PD风险基因位点(HEATR6-rs61204179),明确了53个与中国PD相关的风险基因位点,绘制了中国PD人群易感基因变异谱。基于全基因组数据,发现,中国PD人群的遗传度(h2)为0.18,...
z是GWAS的效应大小。也可以用beta和se。--use_beta_se默认识别的列名为beta,se,也可以用--beta_nameand--se_name指定名称。 n为样本量,也可以用--n_name指定。 因为计算时候用到ldsc,所有有些格式需要ldsc能够识别。 染色体和bp也可以用--chr_name and --bpos_name指定。