【佳学基因】基因检测的数据库基础:MSigDb。 佳学基因基因解码基因检测采用的高通量技术,如微阵列和下一代测序,可以在基因组规模上测量基因活性。佳学基因的转录分析,可以在一次实【佳学基因检测】基因检测的数据库基础:MSigDb 佳学基因基因解码基因检测采用的高通量技术,如微阵列和下一代测序,可以在基因组规模上...
1. 什么是MSigDB? 2. MSigDB包括GO基因集吗? 3. MSigDB中的基因集与GO中的基因集有什么区别? 好久不见,已经好久没有更GO数据库相关的内容了。对于基础医学相关研究的从业者来说,GO 数据库有的时候确实不太好用,分层结构不仅让看上去有点儿难以被人类理解;而且从各种各种意义上,现有的GO数据库的注释结果...
第一步,通过查询MSigDB数据库查找到有347个与methylation-related biological processes相关的基因。查询的关键词为histone和methyl Genes (n=347) involved in histone methylation-related biological processes and signaling pathways were identified from the Molecular Signatures Database (MSigDB) (Fig.1a). 什么是MS...
gset = clusterProfiler::read.gmt("msigdb_v7.5.1_GMTs/c2.cp.kegg.v7.5.1.symbols.gmt") length(unique(gset$term)) #186 gset = clusterProfiler::read.gmt("msigdb_v7.5.1_GMTs/c2.cp.reactome.v7.5.1.symbols.gmt") length(unique(gset$term)) #1615 gset = clusterProfiler::read.gmt("msi...
分为两个子集合:1)microRNA靶标(MIR)2)转录因子靶标(TFT)。 转录因子这个我敢肯定:MSigdb这个既不是最新的,也不是最全的。这块单细胞方向不少应用应该都比这个好。 C4 癌症表达量集 分为三个子集:1) 3CA: 这些集包括在24种肿瘤类型的细胞亚群中协调上调的基因,涵盖通用和谱系特异性的细胞过程。2) CGN:...
TFT_Legacy:(这些是较旧的基因集,以前代表 MSigDB v7.1 之前的 C3:TFT 子集合)。基因集共享上游cis- 监管主题,可以用作潜在的转录因子绑定位点。我们使用两种方法来生成这些主题基因集。 基因组的"保存实例"包括推断的目标基因,每个主题m的174个图案高度保存在四个哺乳动物物种(人类,小鼠,老鼠和狗)的促进者。这...
从MSigDB查找感兴趣的基因集mp.weixin.qq.com/s/YHlB_1h_dXuPMLSKnSZBNg 分子特征数据库(The Molecular Signatures Database,MSigDB)是最大的分子特征或基因表达特征库之一。该数据库收录了各种基因表达特征,包括实验得出的特征,以及其他数据库中代表通路和本体的特征。在MSigDB的官网上,我们可以通过关键字搜索基...
MSigDB:GSEA提供的基因集数据库 欢迎关注”生信修炼手册”! Gene Set Enrichment Analysis,中文名称为基因集富集分析,是由Broad Institute研究所的科学家提出的一种富集方法,在提出该方法的同时还对应提供了分析的软件GSEA和一个基因集数据库MSigdb。本章主要介绍这个数据库,官网如下...
不过呢, 值得提醒的是msigdbr包提取 KEGG数据受限于MsigDB数据库本身,里面的kegg信息是过时的,所以仍然是建议使用kegg数据库官方来源哈。 gsva是针对表达量矩阵进行分析 这个时候表达量矩阵很容易获得,多个基因在多个样品的表达量行列式而已,但是这个msigdbr这个包里面的通路信息没办法直接被gsva函数使用,需要一点点转化,...
官网链接:https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp 在MSigDB的官网上,我们可以通过关键字搜索基因集、按名称或集合浏览基因集、查看基因集及其注释、下载基因集、计算我们提供的基因集与MSigDB中的基因集之间的重叠、按基因家族对基因集的成员进行分类以及在提供的公共表达概要中查看基因组的表达谱等等。不...