KEGG Pathway Map Illustrate 界面简介 从其中可以看到,输入简单,具体输入文件 1. 通路数据库文件 这一文件,可直接下载已经准备好的文件。注意,只要运行一次就行,下次重启 TBtools 也不需要重新加载。 https://tbtools.cowtransfer.com/s/0634098bb24441 下载后,直接载入即可 2. 注释信息文件 此处建议提供该物种所有...
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head = "level1_pathway_id\tlevel1_pathway_name\tlevel2_pathway_id\tlevel2_pathway_name\t" head += "level3_pathway_id\tlevel3_pathway_name\tko_id\tko_name\tko_description\tK_id\tK_name\tK_description\tec\n" oh.write(head) for level1 in ko_map_data["children"]: m = re.match(...
pathway2name <- unique.data.frame(pathway2name) colnames(pathway2name)[1] <- "ID" ko2gene <- term2gene[grep(pattern = "^ko", term2gene$ID),] #这里的id有的是map开头的需要去除,因为ko2name只能注释ko开头的 kegg <- enricher(gene, TERM2GENE = ko2gene, TERM2NAME = pathway2name, pv...
KEGG Pathway Map Illustrate 界面简介 从其中可以看到,输入简单,具体输入文件 1. 通路数据库文件 这一文件,可直接下载已经准备好的文件。注意,只要运行一次就行,下次重启 TBtools 也不需要重新加载。 https://tbtools.cowtransfer.com/s/0634098bb24441
grep ko out.emapper.annotations.KEGG_Pathway.txt > out.emapper.annotations.KEGG_ko.txt 这样我们就能提取出只有map号和KO号的文件啦。 image.png image.png 到此我们前景基因的功能注释就完成啦。 二、获取该物种所对应的GO、KEGG注释 获取物种与GO号所对应的关系的方法有以下几种方式: ...