2. BlastKOALA: 多序列批量的blast 3. KEGG mapper:检索pathway 的通路图以及修改通路图 4. GhostKOALA:mega注释与通路 5. KEGG Atlas:数据库中的通路,全局查看 6. SIMCOMP:化合物结构查看 目前比较常用的是前面3种,今天我们重点介绍一下多序列比对。总的来说,只要下面3个步骤就可以了。 具体操作有以下3步: ...
返回到KEGG pathway主页,点击网页中的KEGG Mapper。 进入网页后,点击左侧目录中的“Reconstruct Pathway”,可进入通路图绘制页面。在对话框“Enter gene list with KO annotation”中需要输入我们预测到的KO numbers的信息(这个信息可以在PICRUSt分析结果C07_picrust文件夹中的predicted_metagenomes_kegg.txt表格里找到;或P...
GhostKOALA:比对转录组的蛋白质序列(aa)中是否含有数据库中的序列。 Mapper:在 pathway,模块,brite里搜索,也可以在特定物种中搜索。 Reconstructe:完成在线注释之后会得到结果。里面有重构选项。 Search:搜索几个基因,就能完成重构。 Color:能按照自己的需求来进行配色。例如强调某个基因。 这些都是在线完成的,所以网速...
The optimized strategy primarily involves automatic retrieval of the KEGG Orthology (KO) identifiers of user defined organisms from the KEGG database followed by overlaying and visualization of the metabolic genes using the KEGG Mapper reconstruct pathway tool. We demonstrate the applicability of G2KO ...
The result files may be downloaded and manipulated for further KEGG Mapper analysis, such as comparative pathway analysis using multiple BlastKOALA results. Graphical abstract Download: Download high-res image (85KB) Download: Download full-size image...