基于KEGG,我们可以高效地挖掘组学数据,设计实验,为科研工作带来新的视角和思路。 1. 查询基因功能与通路 基因查询:通过KEGG中,可以轻松查询基因的相关信息,包括基因的生物学功能、所属的物种、编码的蛋白质以及参与的生物途径等。 通路查询:KEGG提供了详尽的生物化学途径信息,用户可以通过通路(PATHWAY)查询来找到特定生...
在GEO数据库中检索到GSE18842,并使用GEO在线工具分析该数据集中tumor和control组间差异表达的分子,并用KEGG Mapper进行通路分析,给出匹配度第2的通路,并用颜色标记:红色标记上调倍数[4, ∞);粉红色标记上调倍数在(0, 4);蓝色标记下调倍数(-∞, -4];青色标记下调倍数在(-4, 0)。 这里主要讲讲GEO数据库的检索...
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是由日本京都大学和东京大学联合开发的数据库,可以用来查询代谢途径、酶(或编码酶的基因)、产物等,也可以通过BLAST 比对查询未知序列的代谢途径信息。这对做代谢组学的小伙伴来讲是居家旅行必备呀。 KEGG 的网址是https://www.kegg.jp/,界面小清新,使用很是方便。 K...
KEGG的网址:https://www.kegg.jp/。 KEGG是一个综合数据库,它们大致分为系统信息、基因组信息、化学信息和健康信息四大类。进入KEGG官网,它的主页主要由以下几部分构成: KEGG子库中存储的信息是生物系统的计算机表示形式,由基因和蛋白质(基因组信息)和化学物质(化学信息)的分子部件组成,这些部件的相互作用,反应和...
KEGG的pathway 根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系。 基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图。 ko编号就是一个pathway,例如ko04722,这个通路不分物种,相当于所有物种这一通路的并集 ...
本期内容将以KEGG富集分析举例来说明:1)富集分析的概念 2)富集分析的原理和 3)富集分析结果可视化。 What is Enrichment Analysis? 富集分析(Enrichment Analysis)是一种用于分析高通量实验数据的方法,通常用于理解基因集合或其他生物学实体在给定实验条件下的功能、通路或特定生物学过程的富集程度。富集分析的目标是确定...
KEGG GENES:包括基因和蛋白质的信息。 KEGG GENOME:提供各个物种的基因组信息,包括基因组大小、结构、功能注释等。 KEGG COMPOUND:包括小分子化合物的信息。 KEGG GLYCAN:提供糖类的信息。 KEGG REACTION:包括生物化学反应的信息。 KEGG ENZYME:提供酶的命名和功能信息。
KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系;基因组信息主要是从NCBI等数据库中获得,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图;另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有...
通过与世界上其他一些大型生物信息学数据库的连接,KEGG可以为研究者提供更为丰富的生物学信息(LinkDB)。KEGG提供了Java的图形工具来访问基因组图谱,比较基因组图谱和操作表达图谱,以及其他序列比较、图形比较和通路计算的工具。 KEGG是一个综合数据库,它们大致分为系统信息、基因组信息和化学信息三大类。进一步可细分为...