bed12的例子 来源:https://www.jianshu.com/p/4880f1969919 image.png 先使用convert2bed把gtf转化为bed6文件。再使用别人开发的工具把bed6文件转化为bed12文件。 或者使用gtf2bed 链接: https://gffutils.readthedocs.io/en/latest/gtf2bed.html 参考: https://www.jianshu.com/p/847801e8bf92 这篇文章作...
今天在使用RseQC时需要将参考基因组GTF文件转换为bed12文件,下面是记录下来的方法: 用到的工具 UCSC的gtfToGenePred和genePredToBed工具,下载安装: wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gtfToGenePred wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/genePredToB...
附赠gtf2bed12.sh代码,输入你要转换的gtf文件名即可比如 ./gtf2bed12.sh xxx.gtf #!/bin/bash#set -xset-e#set -u usage(){cat<<EOF >&2${txtcyn}Usage:$0 options${txtrst}${bldblu}Function${txtrst}:This script is used to transfer GTF to bed12 format.${txtbld}...
bed文件官方网页: https://m.ensembl.org/info/website/upload/bed.html 前三列：这个例子也只给了前9列的信息 先使用convert2bed把gtf转化为bed6文件。再使用别人开发的工具把bed6文件转化为bed12文件。或者使用gtf2bed 链接：https://gffutils.readthedocs.io/en/latest/gtf2bed.html 参考：http...
分析过程中的bed文件一般代表区域信息,如表示Peak位置的bed文件,表示基因注释的bed12文件。 表示基因注释时,gtf/gff和bed文件的区别 1)gtf/gff文件一行表示一个exon/CDS等子区域,多行联合表示一个gene;bed文件一行表示一个gene; 2)gtf文件中碱基位置定位方式是1-based,而bed中碱基定位方式是0-based,如下图所示。
示例1: convertGTFToBed12 ▲点赞 7▼ # 需要导入模块: from CGATPipelines import PipelineLncRNA [as 别名]# 或者: from CGATPipelines.PipelineLncRNA importgtfToBed12[as 别名]defconvertGTFToBed12(infile, outfile):""" Transform the lncrna_final.gtf.gz into lncrna_final.bed ...
但是FTP中并没有直接提供bed12, gtf 格式的文件,因为这些格式存在冗余信息,文件大小会比较大。为例节省磁盘空间,UCSC提出来genePred这种格式。这种格式每一行代表一个转录本信息,冗余信息较少。更多的介绍可以参考官方文档 https://genome./FAQ/FAQformat.html#format9 ...
但是FTP中并没有直接提供bed12, gtf 格式的文件,因为这些格式存在冗余信息,文件大小会比较大。为例节省磁盘空间,UCSC提出来genePred这种格式。这种格式每一行代表一个转录本信息,冗余信息较少。更多的介绍可以参考官方文档 https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format9...
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但是FTP中并没有直接提供bed12, gtf 格式的文件,因为这些格式存在冗余信息,文件大小会比较大。为例节省磁盘空间,UCSC提出来genePred这种格式。这种格式每一行代表一个转录本信息,冗余信息较少。更多的介绍可以参考官方文档 https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format9 ...