个人看法，不论是生物上的知识还是计算机上的，都需要比较懂，如果生物知识都不懂，就算去学计算机也不...
1. RAxML 简介 RAxML (Random Axelerated Maximum Likelikhood) 能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树。 网页版工具:http://epa./raxml/submit_single_gene 参考文献:RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies 2. RAxML 下载与安装 也可以直接使用sud...
使用SpliceGrapher进行可变剪接分析陈连福的生信博客 1. SpliceGrapher 简介 SpliceGrapher主要用于使用 RNA-Seq 数据对已有的基因模型进行可变剪接分析,并能给出图形结果。此外, SpliceGrapher 也能接受 EST 数据作为输入。由于使用 Sam 文件作为输入,其可变剪接分析结果比较全面准确。
使用RAxML构建进化树陈连福的生信博客 1. RAxML 简介 RAxML (Random Axelerated Maximum Likelikhood) 能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树。 网页版工具: 参考文献:RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies ...
SpliceGrapher主要用于使用 RNA-Seq 数据对已有的基因模型进行可变剪接分析,并能给出图形结果。此外, SpliceGrapher 也能接受 EST 数据作为输入。由于使用 Sam 文件作为输入,其可变剪接分析结果比较全面准确。 SpliceGraper 的使用说明非常详细,具体请见:http://splicegrapher./userguide.html。
这个结论得出方法:将reads进行预处理前后分别用于组装出基因组,然后再使用bowtie2将两种reads比对到两种基因组组装结果,观察reads比对上的百分比得出。reads的预处理方法是去除低质量reads并将100bp的reads前后各减去5bp碱基。 对于soapdenovo: 未处理reads比对率 预处理reads比对率 ...
现在有服务器A通过PPPOE联网,而服务器B直接和服务器A使用网线连接。若需要使B能正常上网,则需要将A的网络共享给B。此外,服务器A和B都具有多网口,并都是CentOS系统。将服务器A的网络共享给B,其对两台服务器的设置如下: 1. 服务器A的设置 1.1 服务器A的第一个网口进行pppoe连接 ...
基于序列的相似性,OrthoMCL能将一组proteins(比如全基因组的proteins)归类到ortholog groups、in-paralogs groups和co-orthologs。 2. OrthoMCL-DB OrthoMCL-DB包含了很多proteins,这些proteins来自一些已经完全测序的真核或原核生物的基因组。OrthoMCL-DB将这些proteins进行了聚类,分成很多的ortholog groups。
首先,使用famap命令和fahash命令分两步将基因组序列转换为哈希数据库。 $ famap -t N -b genome.famap genome.fasta 程序将FASTA格式的序列转换为famap数据库文件。 常用参数: -t <string> 设置碱基类型。可以设置4种值:n,允许含有小写碱基atcgn,其它字符转换为n或N;nx,允许含有小写碱基和兼并碱基字符,其它...
RAxML (Random Axelerated Maximum Likelikhood) 能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树。 网页版工具:http://epa.h-its.org/raxml/submit_single_gene 参考文献:RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies ...