1. RAxML 简介 RAxML (Random Axelerated Maximum Likelikhood) 能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树。 网页版工具:http://epa./raxml/submit_single_gene 参考文献:RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies 2. RAxML 下载与安装 也可以直接使用sud...
使用SpliceGrapher进行可变剪接分析陈连福的生信博客 1. SpliceGrapher 简介 SpliceGrapher主要用于使用 RNA-Seq 数据对已有的基因模型进行可变剪接分析,并能给出图形结果。此外, SpliceGrapher 也能接受 EST 数据作为输入。由于使用 Sam 文件作为输入,其可变剪接分析结果比较全面准确。
使用RAxML构建进化树陈连福的生信博客 1. RAxML 简介 RAxML (Random Axelerated Maximum Likelikhood) 能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树。 网页版工具: 参考文献:RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies ...
1. SpliceGrapher 简介 SpliceGrapher主要用于使用 RNA-Seq 数据对已有的基因模型进行可变剪接分析,并能给出图形结果。此外, SpliceGrapher 也能接受 EST 数据作为输入。由于使用 Sam 文件作为输入,其可变剪接分析结果比较全面准确。 SpliceGraper 的使用说明非常详细,具体请见:http://splicegrapher./userguide.html。 2....
现在有服务器A通过PPPOE联网,而服务器B直接和服务器A使用网线连接。若需要使B能正常上网,则需要将A的网络共享给B。此外,服务器A和B都具有多网口,并都是CentOS系统。将服务器A的网络共享给B,其对两台服务器的设置如下: 1. 服务器A的设置 1.1 服务器A的第一个网口进行pppoe连接 ...
这个结论得出方法:将reads进行预处理前后分别用于组装出基因组,然后再使用bowtie2将两种reads比对到两种基因组组装结果,观察reads比对上的百分比得出。reads的预处理方法是去除低质量reads并将100bp的reads前后各减去5bp碱基。 对于soapdenovo: 未处理reads比对率 预处理reads比对率 ...
通过 AIC, BIC, AICc 和 DT 来查看其得分,点击表格的第1行进行排序,寻找分值最小的模型作为最优氨基酸替代模型。 3.2 命令行运行 常用例子: 不加参数运行,则给出帮助文档: java -jar /opt/biosoft/prottest-3.4-20140123/prottest-3.4.jar 常用的命令行:...
从2024年8月2日至2024年8月18日,我(陈连福)带着夫人(邓蕾)、孩子(陈一依9岁)、岳母(贺爱莲)和小舅子的儿子(邓一鸣5岁)一行共5人,于青甘大环线自驾旅行,见识了西北地区的草原、雪山、丹霞、戈壁、沙漠、雅丹、盐湖、冻土盐碱地等各种地貌。 旅行17天,包括车辆油费电费、车辆高速通行费、住宿费、餐饮费和景...
使用PASA 将上一步骤得到的转录子序列比对到基因组上。根据比对结果,提取完整并且长度较长的基因模型。 3. HMM training 根据上一步骤的基因模型进行 AUGUSTUS 和 SNAP 的 training,得到这 2 个基因预测软件的 HMM 参数文件。 4. 由 RNA-seq 数据得到 hints ...
RAxML (Random Axelerated Maximum Likelikhood) 能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树。 网页版工具:http://epa.h-its.org/raxml/submit_single_gene 参考文献:RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies ...