(斑马鱼在受精后大约三到四天孵化,所以在第一天,器官已经开始形成。)然后,研究人员使用一种新的软件来分析这些时间流逝,这种软件设计用于跟踪每个细胞在3D空间中的运动。 罗耶解释说,从历史上看,为了追踪胚胎中的哪些基因被激活,研究人员不得不“融化”胚胎,把它们变成“汤”,然后用机器分析。问题是你需要30到60个...
研究策略:选取受精后24h内6个关键发育时间点的斑马鱼胚胎,对总共91张矢状面冰冻切片进行了Stereo-seq分析,搭建了斑马鱼早期胚胎发生时空转录组图谱在线开放资源库ZESTA (https://db.cngb.org/stomics/zesta/)。然后,利用基于计算基因表达空间分布相似性的空间共变基因模块,探究了空间功能区域间的相互调控作用,并对每个...
斑马鱼(Danio rerio)是一种脊椎类模式动物,具有胚体透明、繁殖速度快、信号通路和基因与人类具高度同源性等特点,目前,已有许多研究团队对不同时期的斑马鱼表观基因组和转录组进行数据收集,并且在发育中斑马鱼基因组中发现了数百种细胞类型和功能元件,但是对于胚胎发育过程中,决定细胞类型功能的染色质可及性缺乏详细且...
研究策略:选取受精后24h内6个关键发育时间点的斑马鱼胚胎,对总共91张矢状面冰冻切片进行了Stereo-seq分析,搭建了斑马鱼早期胚胎发生时空转录组图谱在线开放资源库ZESTA (https://db.cngb.org/stomics/zesta/)。然后,利用基于计算基因表达空间分布相似性的空间共变基因模块,探究了空间功能区域间的相互调控作用,并对每个...
4 5 6 7 2 斑马鱼胚胎发育的分期 CHARLES B. KIMMEL, WILLIAM W. BALLARD, SETH R. KIMMEL 等 原著 俄勒冈大学神经生物学学院;达特茅斯学院生物系 黄万旭 译 浙江大学生命科学学院 摘要:我们对斑马鱼(zebranfish, Danio rerio)胚胎发育的 分期作了一系列的阐述。我们定义了胚胎发育的七段时期 (period)——合...
为了全面地解析斑马鱼胚胎发育过程中基因组的可及性区域及其动态变化特征,研究者使用SPATAC-seq对4 hpf至72 hpf的20个发育时间点的斑马鱼胚胎进行单细胞染色质可及性测序,覆盖了斑马鱼胚胎发育的囊胚后期、原肠期、体节期、咽囊期和孵化期,一共获得约81万个高质量的单细胞染色质可及性数据(图2)。基于标签转移(Lab...
斑马鱼胚胎发育不同阶段的单细胞染色质可及性与细胞类型分析 为了全面表征斑马鱼胚胎发育过程中基因组可及性区域,作者利用SPATAC-seq分析了整个胚胎在4-72 hpf的20个发育阶段的染色质可及性(图2a),获得了808,046个细胞的高质量染色质可及性谱(图2b,c)。作为对比,作者选择10x Genomics的scATAC-seq试剂盒分析24,...
图1 利用Stereo-seq(左)和scRNA-seq(右)技术,绘制斑马鱼胚胎发育的时空转录图谱和细胞的时空分化轨迹。 综上所述,该研究利用Stereo-seq空间转录组技术,以受精后24h之内6个时间点的斑马鱼胚胎为研究对象,首次绘制了斑马鱼胚胎发育的空间转录图谱,并结合scRNA-seq构建了细胞分化时空轨迹。该研究为探索脊椎动物胚胎发育提...
图1 利用Stereo-seq(左)和scRNA-seq(右)技术,绘制斑马鱼胚胎发育的时空转录图谱和细胞的时空分化轨迹。 综上所述,该研究利用Stereo-seq空间转录组技术,以受精后24h之内6个时间点的斑马鱼胚胎为研究对象,首次绘制了斑马鱼胚胎发育的空间转录图谱,并结合scRNA-seq构建了细胞分化时空轨迹。该研究为探索脊椎动物胚胎发育提...
皮层蛋 白(cortactin)在斑马鱼早期胚胎发育中的分布图式和功能研究,皮层蛋 白(cortactin)在斑马鱼早期胚胎发育中的分布图式和功能研究,皮层蛋