转录组/蛋白组+代谢联合分析策略包括: (1)代谢物和编码代谢物的上游基因/蛋白的表达一致性分析,从而解析代谢物编码基因/蛋白对下游代谢物的影响; (2)转录/蛋白和代谢物的表达相关性分析,从而揭示mRNA和代谢物在表达水平上的相关性,从而反应其在生物学过程或疾病进程中发挥的协同或者抑制作用; (3)分析不同作用因子...
关于空间转录组的分析是呈现一个螺旋上升的过程。 在文章Cell | 空间转录组数据分析的潜力中提到空间转录组学方法产生三种不同但相互关联的数据类型:(1)图像数据,(2)表达数据,(3)空间方向和位置。当然这还是指的空间单样本,多样本的分析自然也会产生很多复杂的问题。 关于空间多样本的整合分析之前分享过,文章在空...
随着测序技术的发展,单一组学的分析往往不能很好地解释生物学问题,此时多组学的联合分析应运而生。在疾病研究领域,可能涉及到组学数据有,基因组,外显子组,转录组,表观组,蛋白组或代谢组等。通过不同组学的数据相互补充,相互关联,缩小研究基因的范围,找到更有可能的hub基因。常规的单组学分析已经很成熟,但是很多老师...
微生物转录组联合分析,是生物学研究的一把利剑,在揭示微生物基因组结构和功能、提高资源利用效率、研究微生物共同体以及探究微生物对健康影响等方面展现出强大的威力。通过联合分析,我们能够更深入地理解微生物的生理过程、适应性和代谢变化,为科学研究、医学应用以及环境保护等领域提供重要支持。 每天一个健康知识 知识...
分析内容 代谢与转录组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异代谢物和差异基因在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。常规的联合分析内容主要包括代谢组和转录组KEGG通路分析、KEGG共富集分析、相关性分析、差异基因和差异代谢物趋势分析、典型相关性分析、限制性对应分析...
当突变影响基因编码区，并且转录组显示其在肿瘤和正常组织中表达有异，说明突变与疾病关联明显。分析内容包括：体细胞突变预测，关注高频突变基因；亚组分型分析，通过突变基因聚类和亚型划分，结合临床信息进行深入功能研究；染色体重排与表达的联合分析，关注染色体结构变异对基因表达的影响；拷贝数变异与表达的...
做过全转录组的童鞋们都知道全转录组是1个样本构建2种文库,得到4种RNA(mRNA、lncRNA cicrRNA 、smallRNA)。然而拿到数据时候,我们是不是有种很懵的感觉,不禁感叹数据量如此大,该怎么形成一个完整的调控网络?那不妨看看全转录组联合分析,小编带你感受全转录组联合分析的美!来,一张导图带你快速一览全局。
这种综合分析有助于系统描绘蛋白至代谢的调控过程,挖掘关键蛋白与代谢物上下游调控通路,揭示表型与基因型之间的关联,从而研究代谢特征的上游调控机制。接下来,我们将带领大家精读一篇文献深入探讨如何联合转录组学、蛋白质组学和代谢组学。 案例分析 研究概况
众所周知,生物体的表型由 DNA、RNA、蛋白质及代谢物等各个层面调控决定,基因组、转录组、蛋白组和代谢组等多组学联合分析已成大势所趋。mRNA 研究可以获得样本之间差异基因、复杂调控网络,而基因与表型不能直接关联,难以鉴定控制关键途径的结构及调控基因。。因此转录组的表达,不能直接证明表型是否发生变化。对于代谢...
转录组是研究功能基因的利器,通过转录组测序可以得到大量差异基因和众多调控网络,围绕转录组开展的北京多组学联合分析策略已是多种类型高分文章的“法宝”。代谢组学是继基因组学、转录组学、蛋白质组学后出现的新兴“组学”,是生物体表型的基础和直接体现者,研究的是生物体被扰动后其代谢产物的种类、数量及其变化规律...