研究物种为无参物种,文章首先对转录组的测序结果做基本的描述,包括测序得到的raw reads数、clean reads数、Q20、Q30质量、GC含量等,均无异常。然后使用Trinitiy对转录本进行组装,通过N50评价组装质量。对样本进行Pearson分析,评价生物学重复情况,相关性在0.77-0.98之间(R>0.75),证明组内重复好,上述结果表明,此次测序...
全转录组分析思路 01 单一RNA的标准分析,lncRNA,circRNA,mRNA和miRNA鉴定和注释,差异表达和序列特征分析,对于mRNA直接进行差异基因功能注释和富集分析,对于差异非编码RNA则对其预测的靶基因或来源基因(circRNA来源基因)进行功能注释和富集分析;(2)每种RNA单独分析后,把所有RNA整合在一起进行ceRNA整合分析,可以两两间,三...
转录组发展至今,诺禾致源始终密切关注相关研究和前沿技术,在全转录组领域具有多年项目经验,已经成功对人、鼠、蜜蜂、拟南芥、水稻等300多个物种进行全转录组测序分析,并在Nature、Molecular Cancer、Cancer Research等多篇高水平杂志上发表...
· 武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务、高通量测序分析的新型生物科技服务企业。公司先后引入ChIP、WGBS、ATAC-seq、全转录组、10x 单细胞、DNBSEQ-T7等实验平台,不断提升公司的科研服务能力。 · 运营期间,爱基百客也获得...
课上,老谈老师以一篇中科院二区的5分+肿瘤分型+失巢凋亡生信文章为例,对其Introduction引言部分、Discussion讨论部分进行了重点讲解! 一则,全转录组分析文章演示,生信门槛较低,入门较简单! 二来,实操讲解AI辅助SCI速写,方法非常简单,可...
油柿MeGI基因能抑制拟南芥雄蕊的发育，通过ChIP-seq、DAP-seq和RNA-seq的联合分析，鉴定出MeGI的靶标基因，发现MeGI主要通过调节昼夜节律相关基因（如TOC1、FKF1、PRR5、ELF4和BBX13）的表达来调控花芽的分化。EMSA实验证实MeGI与GRP3和WRKY28启动子区的结合作用。同时，通过全转录组测序分析，鉴定出1128...
全转录组测序:指某个物种或特定的细胞在某一功能状态下转录产生的所有 RNA 的总和。 全外显子测序:指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。 全转录组测序与全外显子测序联用:全转录组测序可以提供基因的表达情况,帮助我们了解基因的调控机制;而全外显子测序可以提...
今天给大家分享一篇文献 ,文献的名称叫做A spatially resolved brain region- and cell typespecific isoform atlas of the postnatal mouse brain,文献的地址在这里,这篇文献于2021年发表于NC,其实的精髓在于运用了三种单细胞技术,10X单细胞、10X空间转录组和长片段分析,值得我们借鉴一下,我们今天的任务就是来分享一...
分析测试,百科网,伯豪生物客户全转录组测序文章在NatureCellBiology发表, 研究背景 长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长,所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象,从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外,
为了解析慢性糖尿病创口中免疫细胞的异质性和功能特征,作者利用BD Rhapsody™ 单细胞平台对STZ诱导的糖尿病小鼠和和野生型小鼠皮肤免疫细胞进行单细胞测序,解析了不同时间点9240单细胞转录组。通过聚类分析和差异基因分析,以及GO富集分析,解析了不同细胞群的主要分子标记和相关功能,进一步揭示了糖尿病创口中的免疫机制,...