信号通路(Signal pathway)是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。 分析信号通路对于理解生物过程背后的复杂机制至关重要,从文献中捕获有关信号通路的信息对于许多生物学研究的实验设计和分析必不可少。 尽管目前信号通路的资源很丰富,但现有碎片化的数据库及其在聚焦点上的差异严重阻...
“我想做信号通路分析,但我就是不想学编程。” “你们做生信的不都是写好pipeline的吗?怎么那么久还没分析好?” …… 直到我再也无法忍受信号通路和生信同学双重夹击的痛苦,跑去问师兄师姐,他们跟我说什么MAPK、PI3K、NF-κB、Wnt...
hedgehog(Hh)通路信号传导由三种配体:sonic Hh(SHH),Indian Hh(IHH)和desert Hh(DHH),两种受体:(PTCH1)和Smoothened(SMO)以及三种转录因子:GLI1,GLI2和GLI3 介导。 GLI1和GLI2是激活状态,而GLI3既是Hh通路的负调节剂,又是正调节剂。然而,在SHH信号传导中,GLI3在SHH途径的调节中具有关键功能,起转录因子的...
与酵母相比哺乳动物的tor蛋白在进化和功能上高度保守也就相应地称为mtormtor蛋白的c末端具有激酶活性它是细胞生长和增殖的关键调节分子可接收生长因子营养能量等多种信号并通过pi3kakt或raserk信号通路来发挥作用而对mtor信号通路的抑制可以使细胞停滞在g1期而触发细胞凋亡 几种常见的信号通路介绍及分析 信号通路是指当...
读研期间,信号通路分析一直是我心里的一个痛。为什么这么说呢,且听我细细给大家道来。 做基础科研,难免会遇到信号通路,但是每次看到通路图的条条框框我都感到头大,好不容易静下心来仔细研究又发现相关的通路不会找,找不到,有的时候真的是让人烦躁。
读研期间,信号通路分析一直是我心里的一个痛。为什么这么说呢,且听我细细给大家道来。 做基础科研,难免会遇到信号通路,但是每次看到通路图的条条框框我都感到头大,好不容易静下心来仔细研究又发现相关的通路不会找,找不到,有的时候真的是让人烦躁。
1. GMPA信号通路相关基因的表达和预后分析 基于35个GMPA相关基因使用ssGSEA计算了GMPA评分,并分析了TCGA 19种癌症中GMPA评分差异和GMPA相关基因的表达情况(图1a, b)。通过单变量生存分析和Cox比例风险模型评估了35个GMPA相关基因的预后性能(图2a),然后基于GMPA评分进行了单变量Cox回归分析,发现GMPA相关基因表达...
促分裂素原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinases, MAPK)信号通路是真核生物信号传递网络中的重要途径之一,是细胞增殖、分化、细胞凋亡以及正常条件和病理条件下应激反应的关键信号通路。MAPK 是一组进化保守的丝氨酸-苏氨酸激酶,可分为4个亚族:ERK、p38、JNK和BMK1(也称:ERK5), 分别代表四条经典的MAPK通路...
第一步就是通过数据形成一个信号通路分析的network。接着,我们在数据中, 寻找信号通路的富集,这就是DDO分析: 接着,我们比对筛选自己感兴趣的信号通路, 进行进一步的分析, 这就是KDO: 当选中了一个与研究相关的信号通路后, 就需要再回归到数据中,看是否该信号通路的其他节点也产生了相应的变化,进一步研究和分析。
基因表达的调控行为在很大程度上受到信号通路的控制。信号通路分析主要是研究信号通路中一系列分子相互之间的调控作用,以及这些分子在生物学过程中的作用。目前常见的信号通路分析技术包括蛋白质交互组学技术、质谱分析以及基于机器学习的预测模型等。 蛋白质交互组学技术是一种分析细胞网络中蛋白质相互作用的技术。该技术主要...