进化树展示 需要说一点的是: iqtree,raxml-ng等建树软件的准确度相对于fasttree是更高的,但如果你的序列很长很多,运行起来实在是巨慢无比,15个物种的500个直系同源基因,我用iqtree运行了好几个小时都没结果,fasttree几分钟就搞定! 4 增加或删除物种 分析的时候忘了加某一个物种了,可以把想要添加的物种蛋白文件...
作者在方法部分对建树流程有非常详细的介绍(Fig 2),首先是收集近缘物种和外群的基因组信息,第二步是提取单拷贝直系同源基因(Single-copy orthologous genes),第三步是提取四重简并位点并计算物种分化时间(用到了化石时间校正),今天的推送将介绍这个流程。 01 Fig 3 Fig 4 第一步 利用orthofinder软件鉴定单拷贝直...