研究物种为无参物种,文章首先对转录组的测序结果做基本的描述,包括测序得到的raw reads数、clean reads数、Q20、Q30质量、GC含量等,均无异常。然后使用Trinitiy对转录本进行组装,通过N50评价组装质量。对样本进行Pearson分析,评价生物学重复情况,相关性在0.77-0.98之间(R>0.75),证明组内重复好,上述结果表明,此次测序...
全转录组分析思路 01 单一RNA的标准分析,lncRNA,circRNA,mRNA和miRNA鉴定和注释,差异表达和序列特征分析,对于mRNA直接进行差异基因功能注释和富集分析,对于差异非编码RNA则对其预测的靶基因或来源基因(circRNA来源基因)进行功能注释和富集分析;(2)每种RNA单独分析后,把所有RNA整合在一起进行ceRNA整合分析,可以两两间,三...
· 武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务、高通量测序分析的新型生物科技服务企业。公司先后引入ChIP、WGBS、ATAC-seq、全转录组、10x 单细胞、DNBSEQ-T7等实验平台,不断提升公司的科研服务能力。 · 运营期间,爱基百客也获得...
转录组发展至今,诺禾致源始终密切关注相关研究和前沿技术,在全转录组领域具有多年项目经验,已经成功对人、鼠、蜜蜂、拟南芥、水稻等300多个物种进行全转录组测序分析,并在Nature、Molecular Cancer、Cancer Research等多篇高水平杂志上发表...
课上,老谈老师以一篇中科院二区的5分+肿瘤分型+失巢凋亡生信文章为例,对其Introduction引言部分、Discussion讨论部分进行了重点讲解! 一则,全转录组分析文章演示,生信门槛较低,入门较简单! 二来,实操讲解AI辅助SCI速写,方法非常简单,可...
文章题目:芦笋根的全长转录组分析揭示了丛枝菌根真菌诱导的耐盐性的分子机制 发表期刊:Environmental and Experimental Botany 发表时间:2021年1月 影响因子:4.027 研究背景 土壤盐分是最严重的非生物胁迫之一,限制了农业生产力和农作物在世界范围内的分布。全世界将近20%的灌溉土地受到盐渍化的影响,且该数字还在不断...
油柿MeGI基因能抑制拟南芥雄蕊的发育，通过ChIP-seq、DAP-seq和RNA-seq的联合分析，鉴定出MeGI的靶标基因，发现MeGI主要通过调节昼夜节律相关基因（如TOC1、FKF1、PRR5、ELF4和BBX13）的表达来调控花芽的分化。EMSA实验证实MeGI与GRP3和WRKY28启动子区的结合作用。同时，通过全转录组测序分析，鉴定出1128...
全转录组测序:指某个物种或特定的细胞在某一功能状态下转录产生的所有 RNA 的总和。 全外显子测序:指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。 全转录组测序与全外显子测序联用:全转录组测序可以提供基因的表达情况,帮助我们了解基因的调控机制;而全外显子测序可以提...
对照组:无处理酵母;实验组:酵母与1%壳聚糖一起孵育24小时。每组3个生物学重复,收集菌体用于RNA-seq测序。 文章思路 差异基因鉴定 ↓ 功能富集分析 ↓ RT-qPCR验证测序可靠性 那么这篇8分转录组文章到底使用了哪些图表来说明自己的数据挖掘结果?下面我们就一起来看看吧!
今天给大家分享一篇文献 ,文献的名称叫做A spatially resolved brain region- and cell typespecific isoform atlas of the postnatal mouse brain,文献的地址在这里,这篇文献于2021年发表于NC,其实的精髓在于运用了三种单细胞技术,10X单细胞、10X空间转录组和长片段分析,值得我们借鉴一下,我们今天的任务就是来分享一...