从狭义上来说,转录组是指转录出来的所有mRNA的集合;从广义上来说,转录组是指细胞内所有转录产物的集合(包括mRNA和非编码RNA)。 ▌▋miRNA, circRNA以及lncRNA作为一类具有调控功能的非编码RNA被广泛研究,并且调控对象均与mRNA有关。本文将概述非编码RNA分子相关研究进展,ceRNA假说以及相关的全转录组联合分析建库和...
全转录组分析思路 01 单一RNA的标准分析,lncRNA,circRNA,mRNA和miRNA鉴定和注释,差异表达和序列特征分析,对于mRNA直接进行差异基因功能注释和富集分析,对于差异非编码RNA则对其预测的靶基因或来源基因(circRNA来源基因)进行功能注释和富集分析;(2)每种RNA单独分析后,把所有RNA整合在一起进行ceRNA整合分析,可以两两间,三...
所有的分析最终还是要回归到功能或者是通路,因此最终还需对关键RNA中的基因进行通路富集分析。目前采用的方法:1、采用随机游走中的经典算法PageRank来获取网络中所有节点的打分(即重要性)。选择网络中打分排布在前0.1 的点,即关键RNA,作为重点的研究对象;2、对关键RNA中的基因进行通路富集分析,选择最显著富集的前5个...
全转录组关联研究(TWAS)可以帮助鉴定易感性相关基因的表达特征,有可能揭示对疾病病因的见解,并识别新的药物靶点。但该方法在很大程度上忽略了与易感性有关的重复元件表达,例如人类内源性逆转录病毒(HERV)。 HERV约占人类基因组的8%,是由遗传物质组成的“非编码”序列,这些遗传物质起源于生殖细胞在进化过程中的古逆...
GeoMx® DSP可对小鼠胚胎多个发育时期的多个组织中700多个感兴趣区域进行分析; 与胚胎神经元发育和分化有关的部分基因在E9期端脑和间脑区域之间出现差异表达; 通过分析整个转录组,还得到了一些意想不到的新发现,比如发现Irx5等基因在不同脑区之间有不同的表达。该基因已知有助于产后神经发生,但在胚胎脑发育过程中...
全长转录组(Full-length transcriptome)测序和分析是基于PacBio和Oxford Nanopore三代测序平台,利用其长读长的特性,建库测序时无需对RNA进行打断,如直接获得包含5’UTR、3’UTR、polyA尾的mRNA全长序列及完整结构信息,从而准确分析有参考基因组物种的可变剪接及融合基因等结构信息,克服无参考基因组物种转录本拼接组装较...
北京诺禾致源科技股份有限公司疾病/癌症多组学,提供全转录组联合分析花瓣图、临床数据整合分析、多组学协同与互斥分析等研究方法,致力于成为全球领先的基因科技产品和服务提供者。
基于全转录组和蛋白质组分析结果以及对目标转录本的预测,建立了一个可指示关键mRNA-miRNA-lncRNA/circRNA相互作用的ceRNA网络,并阐明了ceRNA网络中这些转录本之间的调控相互作用,为预测HCC患者的预后以及新的治疗靶点提供了潜在的生物标志物。 实验设计流程图
2. 差异分析、富集分析、趋势分析、WGCNA是目前转录组常用方法,能将表达量和基因功能信息完美结合挑选关键基因。整体分析思路分为以下几个步骤: ①鉴定所有基因,评估测序质量并分析样本重复性情况; ②对所有基因进行差异分析,对筛选得到的DEGs进行富集分析和趋势分析; ...
通过isoseq collapse和pigeon,我们最终能得到带有基因注释的表达矩阵,后续基因的差异分析,差异基因的KEGG注释等都和二代RNA-seq类似了。 Isoseq数据分析第一部分我们最后使用了isoseq cluster获得了聚类后高质量的转录本,但是我们仍然不知道这些经过聚类的转录本在基因组的位置以及属于哪些基因?这些转录本是已经注释的还是...